Ламерское, про доп. IP
Для того, что бы применить к сайту, в BrainyCP, другой айпишник, отличный от собсна серверного изначального, необходимо сначала обжиться этим айпишником.
На примере своей ситуации — заказывался дополнительный у самого хостинг провайдера. А панели управления хостинг-провайдера в списке доменов в А запись домена вставляем наш новый айпишник.
После чего переходим в панель управления BrainyCP, идем в раздел Управление — Менеджер IP адресов. Там добавляем наш айпишник в самом низу, где будет заголовок «Добавить новый IP адрес или маршрут»

После этого у нас на этой же странице в списке айпи адресов должен появится наш новый.
После этого переходим к нашим хостинг тарифам, редактируем текущий и при редактировании просто выделяем второй айпишник.

После переходим к редактированию хост-аккаунта. По томуже принципу выделяем второй айпишник и сохраняем.
После этого будет возможность привязывать редактируемому сайту наш добавленный айпишник.

Дополнено про поддомены.
В случае, если есть поддомены у сайта с доп. айпишником, нужно не забыть выбрать в А записи поддомена новый айпишник в списке доменов хостинга.